Ce temple fut construit en février 1681.

Le cinquième shōgun, Tunayoshi Tokugawa, invita le prêtre Ryōken du temple Daishō gokokuji, à la demande de sa mère, Keishōin. Ce temple est devenu sacré pour l'ambre naturel Nyoirin-Kanzeon-Zō. Le Kannon-Dō actuel a été construit dans un délai de six mois après que le shogunat a ordonné sa construction en janvier 1697. En août de la même année, la cérémonie d'ouverture eut lieu. Le bâtiment principal est une grande salle qui a été créée pour exposer une collection d'arts datant de la période Genroku et qui est considérée comme la plus magnifique de Tokyo.

De plus, le Gokoku-ji est un miraculé. Malgré les tremblements de terre et les bombardements de la guerre, il est encore dans son état d'origine. Son architecture retrace la grandeur traditionnelle de la période Edo jusqu'à nos jours.