Le Mōtsū-ji était jadis un très important temple de la région. Mais à l'instar de son voisin Chūson-ji, la faillite du clan Fujiwara contribua à ruiner sa renommée. A son apogée, le Mōtsū-ji aurait compté 40 pagodes et 500 monastères. L'incendie de novembre 1226 détruisit tout et rien ne fut jamais reconstruit.
Aujourd'hui, l'endroit est surtout célèbre pour son jardin de style "terre pure", censé représenté le paradis bouddhiste.