Jusqu'en 1945, lorsqu'elle a été détruite par un incendie causé par une attaque aérienne, la cathédrale de Tokyo était une église en bois de style gothique. Initialement construite en 1899 par des étudiants en tant que chapelle du séminaire des missionnaires français, elle devient en 1900 l'église de la paroisse de Sekiguchi. En 1920, elle est promue cathédrale de l’archevêché de Tokyo. A sa construction, son sol était composé de tatami, mais à la fin des années vingt, les chaises ont fait leur apparition. A cette époque, les gens enlevaient leurs chaussures en entrant dans l'église. C'est en 1911 que la grotte de Lourdes adjacente à l’église a été construite par le missionnaire français, le P. Demanger. Après avoir été complètement détruite pendant la Seconde Guerre mondiale, l'église doit être reconstruite et le diocèse de Cologne (Allemagne) a apporté son aide pour la reconstruction. La planification par l'architecte Tange Kenzo a commencé en 1960, et la nouvelle cathédrale a été inaugurée en décembre 1964. 8 faces hyperboliques presque verticales, composent une grande structure en forme de croix. D'une hauteur de 39,4 mètres et faite de béton d'acier recouvert d'acier inoxydable, la Cathédrale Saite-Marie de Tokyo est unique en son genre.