Le sanctuaire a été établi à Fukagawa en 1627. Le dieu Hachiman, que le sanctuaire vénère, était également une divinité shinto locale du clan Minamoto, ainsi le sanctuaire shinto a reçu la protection cordiale du shogunat Tokugawa. D'autre part, le sanctuaire était vénéré par les gens de shitamachi (la ville basse) et connu sous le nom de "Hachiman de Fukagawa".

Au cours de la période Meiji, le sanctuaire a perdu la protection cordiale dont il avait bénéficié pendant la période Edo. Il a cependant été choisi comme l'un des "Diz temples de Tokyo" (東京十社, Tokyo Jissha) par le gouvernement Meiji, bien qu'il soit considéré comme étant de statut inférieur par rapport au sanctuaire Hikawa et aux autres sanctuaires majeurs que le gouvernement avait fournis.

Le sanctuaire Tomioka Hachiman est également connu comme le lieu de naissance du Kanjin-zumō (勧進相撲), fondé en 1684 et à l'origine du sumo professionnel actuel.

La visite du sanctuaire associée à celle du temple Naritasan situé à quelques encablures, est l'occasion d'une belle balade dans le quartier de Monzen-nakacho.